Для визуализации прилагается картинка.

1. Как найти и выделить все объекты с нужным цветом?

Если вам понадобилось найти все объекты определенной заливки и выделить их, то делаем следующее: Выделяем нужный объект и жмем Fill color (Select-> same-> Fill color). Также вы можете найти и выделить объекты по заливке и обводке, прозрачности, обводке и других свойствах объекта которые находятся в разделе Same.

Теперь в панели Color вы можете изменить цвет объектов на любой, который вам нужен.

2. Очистка Swatches от неиспользуемых шаблонов цвета, а также добавление цветов находящихся в документе.

Для начала работы с Swatches удалим все неиспользуемые шаблоны цвета. Нажимаем на кнопку в правом верхнем углу панели Swatches, в меню выбираем Select All Unused. Если в Swatches есть ненужные нам для работы шаблоны они выделятся, дальше нужно нажать на иконку корзинки, подтвердить удаление и ваш Swatches абсолютно чист от ненужных цветов.

Далее снимаем выделение с объектов, если они выделены, заходим в меню Swatches и жмем Add Used Color. Замечу, что эта строка появляется только тогда когда выделение с объектов полностью снято. Этим действием мы добавили все действующие шаблоны цвета в документе.

3. Простая замена цвета.

Как оказалось все гениальное просто и не нужно прибегать к поиску и замене, а нужно лишь создать новый образец цвета в Swatches как указано на картинки, либо просто взять цвет с окошка Color и перетащить его в панель Swatches.

Дальше хватаем цвет, который нужно заменить на другой, в моем случае я хочу заменить оранжевый на черный. Я хватаю иконку черного цвета и с зажатым Alt перетаскиваю его на иконку оранжевого шаблона. Цвет меняется.

Для того чтобы узнать какой же из цветовых шаблонов относится в вашему объекту, достаточно лишь выделить нужный объект и наблюдать в Swatches выделение нужного цвета.

При надобности новый шаблон можно удалить, так как он дублируется с тем, который вы заменили.

Думаю вам поможет этот не хитрый урок в работе.